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b-MiGAP Tutorial

このチュートリアルは、b-MiGAP(Microbial Genome Annotation Pipeline)をはじめて使う方が、使い方を学ぶためのドキュメントです。

パイプライン投入の前に準備しておくもの

塩基配列ファイル(以下の形式をパイプラインに投入できます)

 

  • FastA形式ファイル
  • Multiple FastA形式ファイル
  • シンプルテキストファイル
  • サンプルファイル(ワンクリックで入力領域にペーストされます)

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パイプライン投入方法

Login ボタンをクリックして、MiGAPにログインします。

するとログイン画面が表示されます。ユーザIDとパスワードを入力し、Loginボタンをクリックします。

 

MiGAPの利用者別に割り当てられたトップページが表示されます。

 

左のメニューからPipe Lineをクリックします。

すると、パイプラインへの配列投入画面が表示されます。

 

Pipe Line Name欄に、パイプラインに投入する名前を入力します(任意の文字列)。この欄への入力は必須ではありません。何も入力されない場合は、投入時の日付と時間がPipe Line Nameとして採用されます。

塩基配列を指定する方法は2つあります。

1つはUpload Filename欄に、パイプラインに投入する塩基配列ファイルを指定する方法で、

もう1つはPaste Boxに直接コピーアンドペーストで、配列をペーストする方法です。

サンプル配列をペーストすることができます。(Test Data)をクリックします。

 

入力欄にサンプル配列がペーストされます。

 

投入する塩基配列が環状ゲノムである場合は、Circularをオンにします。直鎖状のゲノムである場合は、Linearをオンにします。

 

Run ボタンをクリックすると、b-MiGAPパイプラインに配列が投入され、アノテーション処理が実行されます。

指定を間違えた場合は、Resetボタンをクリックして、設定をリセットします。

投入ランのキャンセル

すでに投入したランが実行中あるいは実行待ちの状態の時は、利用者はその実行をキャンセルすることができます。

Current Processボタンをクリックしてパイプラインの実行中プロセス表示画面を表示します。

 

表示された実行中プロセスリストのうちカラーで表示された行が、自分のプロセスです。自分のプロセスはキャンセルが可能で、行の最初にチェックボックスが表示されます。

プロセスをキャンセルするには、キャンセルしたいプロセスにチェックし、

 

JOB CANCELボタンをクリックします。すると、指定されたプロセスが終了します。

 

実行状態の把握

Pipe Line Historyボタンをクリックします。

すると、過去にパイプラインに投入したランのリストが新しいものから順にツリー表示されます。最上部あるものを、ルートノードを呼びます。ルートノードにはユーザIDが表示されます。

 

ツリーのルートノードをクリックすると、画面の右側にその詳細リストが表示されます。

 

実行中あるいは実行待ちのランは、そのPipe Line ノードだけが表示されます。

キャンセルされたランは、Cancelledと表示されます。

実行中のランは、そのPipe Line ノードをクリックすると、右側のフィールドに現在の進行状況が表示されます。

実行が完了したランは、そのPipe Lineノードをクリックすると、右側にゲノムマップが表示されます。

単一配列および複数のコンティグに分割された配列

MiGAPは複数のコンティグからなる配列を扱うことができます。

Pipe Line Historyウィンドウの結果表示ツリーのランノードをクリックすると、複数のコンティグからなる配列の場合は、子ノードがコンティグ数だけ作成されます。このとき、親ノード名称には(whole)と表示されます。

 

実行結果の閲覧

解析が終了したランは、各ランノードの「+」をクリックすると、単一の塩基配列の場合は、1個のノードが表示されます。右側のカッコ内には、塩基配列長が表示されます)。

 

Multiple FastA形式で投入されたランの結果は、Pipe Line ノードに(whole)が付加され、その親ノードの前の「+」をクリックすると複数のコンティグリストが表示されます。個々のコンティグの塩基長が同じくカッコ内に表示されます。

 

Expand Allをクリックすると、すべての配列ノードが展開されます。

 

Fold Allをクリックすると、すべての配列ノードが折りたたまれ、表示されるのはランノードのみとなります。

配列ノードをクリックすると、右側にランの概要と開始時間、終了時間などの表が表示され、かつ環状ゲノムの場合は環状ゲノムマップが表示されます。

 

実行結果を隠す、および削除する

実行結果はラン毎に、隠したり、削除したりすることができます。

利用者ルートノードをクリックします。

すると、現在隠されていないすべてのランの結果が右側にリスト表示されます。

 

隠したいランの行の前のチェックボックスにチェックを入れます(複数指定可能)。

Hideボタンをクリックします。

 

すると確認メッセージが表示されるので、OKをクリックします。

 

すると指定されたランの結果が隠されます。

隠されたランのリストを表示するには、左側のHidden Data Listをクリックします。

すると隠されているランのリストが表示されます。

 

完全に削除したいランの行のチェックボックスにチェックします(複数指定可能)。

Deleteボタンをクリックします。

すると、指定されたランの結果が完全に削除されます。この操作は回復できません。

隠されたランのリストから一部を元に戻したい場合は、Restoreボタンを使用します。

環状ゲノムマップの操作と閲覧

環状ゲノムマップの一部をクリックすると、クリックされた部位に対応する領域の線形ゲノムマップが表示されます。

 

フィーチャーマップの操作と閲覧

コンテントプロファイルはGC ContentとGC Skewのチェックボックスにチェックを入れることで表示を切り替えることができます。

 

 

横スクロールは左右スクロールボタンをクリックします。

CDSをクリックすると、その注釈記述が別ウィンドウに表示されます。

 

CDS別注釈記述ウィンドウの閲覧

CDS別注釈記述ウィンドウは4つの部分から構成されています。

Qualifier表示領域

 

核酸配列表示領域(配列をクリップボードにコピーできます)

 

アミノ酸配列表示領域(配列をクリップボードにコピーできます)

 

相同性検索結果表示領域(アラインメント結果を表示できます)

 

ウィンドウを閉じるには、ブラウザの閉じるボタンを使用します。

 

実行結果のダウンロード

5種類の結果ファイルをダウンロード可能です。

Feature 記述ファイル(result.csv)

GenBank形式の注釈付き塩基配列ファイル(result.gbk)

EMBL形式の注釈付き塩基配列ファイル(result.embl)

DDBL形式の注釈ファイルと塩基配列ファイル(result.fasta,result.annt)

フィーチャーマップの上部に結果ファイルのダウンロードへのリンクが表示されます。

 

単一の配列の場合は、結果はそれぞれ1個のファイルに保存されます。

複数のコンティグに分かれている場合は、コンティグ毎のノードではなく、上位のPipe Line ノードをクリックして表示されるリストから、結果を一括してダウンロードすることができます。該当するファイルへのリンクをクリックします。ファイルはtar.gzでアーカイブ化かつ圧縮されています。