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パイプラインについて

謝辞

文部科学省科学研究費新学術領域研究(研究領域提案型)『生命科学系3分野支援活動』

「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援(ゲノム支援)」

文献リスト

MiGAP利用時の引用文献

Sugawara H, Ohyama A, Mori H and Kurokawa K. (2009) "Microbial Genome Annotation Pipeline (MiGAP) for diverse users" The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009) Poster and Software Demonstrations (Yokohama), S001-1-2

MiGAPが使用する遺伝子予測ソフトウェア、データベース等の文献

ORF予測

Noguchi, H., Taniguchi, T. and Itoh, T., MetaGeneAnnotator: detecting species-specific patterns of ribosomal binding site for precise gene prediction in anonymous prokaryotic and phage genomes, DNA Res. 15(6):387-96, 2008.

A.L. Delcher, D. Harmon, S. Kasif, O. White, and S.L. Salzberg. Improved microbial gene identification with GLIMMER, Nucleic Acids Research 27:23 (1999), 4636-4641.

RNA予測

Lagesen K, Hallin PF, Rland E, St誡feldt HH, Rognes T Ussery DW RNammer: consistent annotation of rRNA genes in genomic sequences Nucleic Acids Res. 2007 Apr 22.

Lowe, T.M. and Eddy, S.R. (1997) tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes in genomic sequence. Nucleic Acids Res, 25, 955-964.

相同性検索

Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990) "Basic local alignment search tool." J. Mol. Biol. 215:403-410.

Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. ,Science. 1997 Oct 24;278(5338):631-7. A genomic perspective on protein families.

Tatusov RL, Fedorova ND, Jackson JD, Jacobs AR, Kiryutin B, Koonin EV, Krylov DM, Mazumder R, Mekhedov SL, Nikolskaya AN, Rao BS, Smirnov S, Sverdlov AV, Vasudevan S, Wolf YI, Yin JJ, Natale DA. , BMC Bioinformatics. 2003 Sep 11;4:41. Epub 2003 Sep 11. The COG database: an updated version includes eukaryotes.

 

MiGAPとは?

MiGAPは、微生物ゲノム解析において定評あるデータベースと定評あるアルゴリズムを組み合わせたアノテーション実行パイプラインです。次世代シーケンサの出現により、将来は多数の研究室や研究グループが次々と微生物ゲノム塩基配列を入手することが予想されます。従来はゲノム塩基配列へのアノテーション作業は大きな負荷がかかっていました。小規模や研究室やグループでは、アノテーションのための要員を確保できないのが現状であると考えられます。

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