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MiGAPの基本操作

Introduction & Practice (as of May 2012)

Introduction & Practice (as of May 2012) (PDF)

解析結果をダウンロードする

 

 

  1. 5種類の結果ファイルをダウンロード可能です。
    • Feature 記述ファイル(result.csv)
    • GenBank形式の注釈付き塩基配列ファイル(result.gbk)
    • EMBL形式の注釈付き塩基配列ファイル(result.embl)
    • DDBJ形式の注釈ファイルと塩基配列ファイル(result.fasta,result.annt)
  2. なお、-aがついているファイルは、相同性解析後の結果ファイルです。
  3. 複数のコンティグに分かれている場合は、Pipe Line Nameをクリックして表示されるリストから、結果を一括してダウンロードすることができます。該当するファイルへのリンクをクリックします。

 

実行結果を閲覧する

  1. 解析が終了したランは、「+」をクリックすると、単一の塩基配列の場合は、1個のwholeという名称のノードが表示されます。右側のカッコ内には、塩基配列長が表示されます)。また、Multiple FastA形式で投入されたランの結果は、Pipe Line Nameの前の「+」をクリックすると複数のコンティグリストが表示されます。個々のコンティグの塩基長が同じくカッコ内に表示されます。
  2. Pipe Line Nameをクリックすると、右側にランの概要と開始時間、終了時間などの表が表示され、かつ環状ゲノムの場合は環状ゲノムマップが表示されます。
  3. 環状ゲノムマップの一部をクリックすると、その領域の線形ゲノムマップが表示されます。
  4. コンテントプロファイルはGC ContentとGC Skewをチェックボックスにチェックを入れることで表示を切り替えることができます。
  5. 横スクロールは左右スクロールボタンをクリックします。
  6. CDSをクリックすると、その注釈記述が別ウィンドウに表示されます。

投入したジョブをキャンセルする

 

すでに投入したジョブが実行中あるいは実行待ちの状態の時は、利用者はその実行をキャンセルすることができます。

 

  1. Pipe Line HistoryリストのPipe Line Nameノードをクリックします。
  2. 表示される右側ペイン上にある「Cancel」ボタンをクリックします。

 

実行状況のモニタリング

  1. Pipe Line Historyメニューボタンをクリックします。
  2. すると、過去にパイプラインに投入したランのリストが新しいものから順にリスト表示されます。
  3. 実行中あるいは実行待ちのランは、そのPipe Line Nameだけが表示されます。
  4. 実行中のランは、そのPipe Line Nameをクリックすると、右側のフィールドに現在の進行状況が表示されます。

投入ジョブのキャンセル方法

 

すでに投入したジョブが実行中あるいは実行待ちの状態の時は、利用者はその実行をキャンセルすることができます。

  1. Pipe Line HistoryリストのPipe Line Nameノードをクリックします。
  2. 表示される右側ペイン上にある「Cancel」ボタンをクリックします。

 

パイプライン投入方法

 

パイプライン投入方法

  1. MiGAPログインページからMiGAPにログインします。
  2. すると、DBCLS OpenIDへのサインイン画面が表示されます。
  3. すでにOpenIDにてサインインされている場合は、MiGAPの利用者別トップページが表示されます。
  4. OpenIDでサインインします。
  5. MiGAPの利用者別のトップページが表示されます。
  6. 左のメニューからPipe Lineをクリックします。するとパイプラインへのゲノム塩基配列投入ページが表示されます。
  7. Pipe Line Name欄に、パイプラインに投入する名前を入力します(任意の文字列)。この欄への入力は必須ではありません。何も入力されない場合は、投入時の日付と時間がPipe Line Nameとして採用されます。
  8. 塩基配列を指定する方法は2つあります。1つはUpload Filename欄に、パイプラインに投入する塩基配列ファイルを指定する方法で、もう1つはPaste Boxに直接コピーアンドペーストで、配列をペーストする方法です。
  9. 投入する塩基配列が環状ゲノムである場合は、Circularをオンにします。直鎖状のゲノムである場合は、Linearをオンにします。
  10. Run ボタンをクリックすると、b-MiGAPパイプラインに配列が投入され、アノテーション処理が実行されます。
  11. 指定を間違えた場合は、Resetボタンをクリックして、設定をリセットします。

 

パイプライン投入前の準備

塩基配列ファイル(以下の形式をパイプラインに投入できます)を準備します。

 

  • FastA形式ファイル
  • Multiple FastA形式ファイル(de novo アセンブル結果として出力される複数のコンティグからなる塩基配列:現在制限あり⇒10000コンティグ未満)
  • シンプルテキストファイル

 

遺伝研のWebサービスアカウント登録します。

 

 

利用者レベルの切換え

 

MiGAP には、b-MiGAP, s-MiGAP、g-MiGAP の 3 種の利用者レベルがあります。登録された利用者はジョブを10回投入後、利用者レベルを変更できます。利用者レベルを変更するには、Contactページより、「利用者レベルを変更希望」と記述し、メールを送信してください。